Slovenská republika totiž získala možnosť čerpania finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov. Sprostredkovateľský orgán, ktorý bude súčasťou Úradu ŽSK, bude nápomocný pri zabezpečovaní projektov v novom programovom období pre roky 2007 – 2013. Riadiacim orgánom bude ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja. Podľa hovorcu ŽSK Petra Kubicu sa zriadenie SO/RO týka regionálneho operačného programu. Úlohou SO/RO bude zameranie na regionálne cesty, regeneráciu sídiel a infraštruktúru cestovného ruchu.
V rámci SO/RO vzniknú na Úrade ŽSK dva nové odbory. Na odbore kontroly bude pracovať 10 zamestnancov a na odbore implementácie 20 – 25 osôb. „Zmena organizačnej štruktúry umožňuje, aby úrad oficiálne mohol začať s výberom pracovníkov, ktorí musia spĺňať náročné kritériá v zmysle smerníc Európskej komisie a v záverečnej fáze musia byť certifikovaní pre výkon tejto činnosti. Je na škodu veci, že sme stratili dva mesiace. Napriek tomu, že rokovania o kompetenciách SO/RO s ministerstvom výstavby a regionálneho rozvoja ešte prebiehajú a nie sú uzatvorené, prípravu na túto činnosť nemôžeme podceňovať,“ uviedol župan Juraj Blanár. Pritom narážal na skutočnosť, že zastupiteľstvo na zasadnutí pred dvomi mesiacmi zmenu organizačnej štruktúry úradu neschválilo.
Zmenu organizačnej štruktúry Úradu ŽSK v spojitosti so SORO kritizoval Peter Belinský (KDH). Peter Kubica však podotkol, že model organizačnej štruktúry je nadefinovaný v spolupráci s Ministerstvom výstavby a regionálneho rozvoja SR a kopíruje zabehnuté modely, ktoré fungovali v predchádzajúcom programovacom období na Slovensku, ale, napríklad, aj v minulosti vo Francúzsku. Belinský hovorí, že ešte nie je urobená dohoda medzi Vyššími územnými celkami (VÚC) a ministerstvom a zastupiteľstvo ŽSK už schválilo procesy, ktoré ešte neboli dohodnuté. Belinský kritizoval fakt, že aj odbor kontroly bude podliehať priamo županovi. Myslí si, že by mal spadať pod zastupiteľstvo. „Kontrolný orgán sa musí opierať o nejaký zákon. Zákon totiž nepozná kontrolu z titulu SO/RO,“ uviedol Belinský. Keby vraj spadal pod zastupiteľstvo, mal by oporu v zákone. Podľa Kubicu sa však odbor kontroly opiera o nariadenia a smernice Európskej únie a má za úlohu kontrolovať uskutočňovanie cieľov regionálneho operačného programu. „Zároveň by poslanci cez kontrolu videli, či sú podporné projekty robené pre celý samosprávny kraj,“ dodal Belinský. Práve na zabezpečenie rovnomerného a najmä transparentného procesu schvaľovania projektov samosprávne kraje navrhli ministerstvu, aby VÚC ako SO/RO navrhovali zloženie výberových komisií. Schválenie výberových komisií je v kompetencii riadiaceho orgánu. „V kontrolnej skupine by boli zástupcovia všetkých politických strán a bolo by to transparentnejšie. V súčasnosti je kontrola v rukách župana. Ten zároveň SO/RO riadi a aj kontroluje,“ dodal Peter Belinský. Juraj Blanár s ním nesúhlasí: „Takýto insitný prístup a neodborné vyjadrenia niektorých poslancov, ktorí chcú mať SO/RO pod kontrolou v rozpore so smernicami, nariadeniami a zmluvami, by mohli ohroziť v budúcnosti čerpanie eurofondov.“