Po viac ako dvoch rokoch tak víťazstvom župana vyvrcholil spor o podpredsedu samosprávneho kraja. Ten začal v posledný februárový deň roku 2006. Práve vtedy sa totiž uskutočnilo druhé zasadnutie zastupiteľstva ŽSK v tomto volebnom období. Poslanci vtedajšej koalície KDH – SDKÚ – OKS, ktorí mali v zastupiteľstve väčšinu, na ňom žiadali Juraja Blanára, aby na post podpredsedu navrhol Andreja Sočuvku (KDH). Blanár odmietol.
O navrhnutie podpredsedu Blanára žiadali opakovane. Dokonca kvôli tomu niekoľkokrát znefunkčnili zastupiteľstvo, keď sa na ňom odmietli zúčastniť. Po tom, ako prednedávnom poslanci SDKÚ prestali podporovať kresťanských demokratov, KDH stratilo väčšinu. Blanár si tak za podpredsedov mohol navrhnúť svojich ľudí. Tí v pléne bez problémov prešli.
„Pevne verím, že zvolením dvoch podpredsedov sa podarí zlepšiť komunikáciu medzi úradom, mnou a poslancami,“ povedal Blanár. Podľa vlastných slov využil svoju kompetenciu navrhnúť zastupiteľstvu mená podpredsedov. „Podarilo sa nám dať do demokratických pravidiel pomery, ktoré zastupiteľstvo nastavilo na začiatku volebného obdobia,“ dodal. Okrem voľby podpredsedov mal na mysli tiež odvolanie predsedov komisií a ich zloženie, ktoré sa mu podarilo s podporou poslancov SDKÚ presadiť koncom minulého roka. Poslanci KDH v nich stratili predsednícke posty a väčšinu. Blanár to komentoval ako krok k pomernému zastúpeniu poslancov v komisiách podľa výsledkov volieb.Predseda poslaneckého klubu KDH Pavel Pavlásek navrhoval stiahnuť bod z programu rokovania. Dostali ho vraj totiž tesne pred zasadnutím, čo je podľa neho nedôstojné a nečestné. Podpredseda Jozef Grapa sa chce zamerať najmä na dopravu a cestovnú ruch. Lekár IvanChaban vidí svoj priestor zase v zdravotníctve, sociálnej oblasti a kultúre.